La Salle inició labores en el primer semestre de 1965 con varios programas académicos entre los cuales contaba con el programa de Licenciatura en Química y Biología adscrito al Departamento de Química y Biología de la Facultad de Ciencias de la Educación. El Departamento de Química y Biología, promovió la investigación tanto en el área pedagógica como en el área disciplinar.
El Consejo Directivo, mediante el Acuerdo 040 del 7 de Diciembre de 2000 aprobó la transformación del Departamento de Química y Biología en Departamento de Ciencias Básicas, adscrito a la Vicerrectoría Académica, y cuya función fue garantizar la terminación de estudios a los últimos estudiantes admitidos en la Licenciatura en Química y Biología y la continuación de la prestación de servicios de formación básica a todas las unidades académicas de la Universidad, en las áreas de Física, Química, Biología, Matemáticas y Estadística.
La Escuela de Ciencias Básicas y Aplicadas-ECBA fue creada mediante Acuerdo 029 de octubre 22 de 2021, por medio del cual se modifica la Estructura Orgánica de la Universidad de La Salle en acto del Consejo Superior de la Universidad.
En la actualidad la ECBA cuenta con el programa de pregrado en Biología, aprobado por el consejo Académico de la Universidad de La Salle según acuerdo No. 007 de Junio 4 de 2009 y su Registro Calificado fue otorgado por el Ministerio de Educación Nacional mediante la Resolución 10111 de Diciembre 11 de 2009, el cual guarda una profunda articulación con el Museo de La Salle que salvaguarda la herencia de la labor investigativa de los primeros Hermanos Lasallistas, con el estudio de la biodiversidad en sus diferentes expresiones.
La ECBA también cuenta con tres programas de posgrado, la Maestría en Recurso Hídrico Continental, la cual recibe registro calificado con la Resolución 4673 de mayo 15 de 2017 del MEN, e inicia clases en enero de 2018. La Maestría en Actuaría con Resolución 8244 de mayo 18 de 2021 y la Maestría en Ciencias Biología mediante Resolución 14656 de agosto 12 de 2021.